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Quel est le principe d'utilisation du DMS (Dimethylsulfate) pour l'analyse structurale de l'ARNr ?

Quel est le principe d'utilisation du DMS (Dimethylsulfate) pour l'analyse structurale de l'ARNr ?


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Je souhaite vérifier la structure secondaire de l'ARNr (PTC) dans une position particulière en utilisant l'empreinte DMS. J'ai supprimé le nucléotide modifié (m5c) qui est présent dans le PTC et qui contribue à la stabilité structurelle du ribosome. Je suis intéressé de savoir après la suppression du nucléotide modifié.

J'utilise de l'ARN traité au DMS avec extension d'amorce. Je ne comprends pas le principe de base du DMS réagissant sur l'ARN. pouvez-vous s'il vous plaît m'expliquer.

J'ai utilisé cet article pour référence:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2701642/


Voici une bonne explication de la théorie et de la chimie derrière l'empreinte DMS, du chapitre 11 de Sonder la structure de l'ARN dans les cellules vivantes :

In vivo essai de sondage chimique utilisant du sulfate de diméthyle (DMS). (A) Le DMS méthyle l'atome N1 des adénosines et l'atome N3 des cytosines. Ces deux positions sont situées sur la face Watson-Crick des nucléotides respectifs. (B) Schéma d'un ARN structuré interagissant avec un ligand protéique pour illustrer les résidus accessibles à la modification DMS. (C) Cartographie des positions modifiées par transcription inverse. L'enzyme termine l'extension en raison de l'encombrement stérique par le groupe méthyle volumineux à la face Watson-Crick de A et Cs. (D) Le pool d'ADNc est séparé sur un gel dénaturant standard. A et C désignent les voies de séquençage, qui sont essentielles pour cartographier les positions modifiées. De plus, un contrôle RT, qui est préparé à partir d'ARN extrait de cellules non traitées, est essentiel pour déterminer les éventuels arrêts naturels de la RT (piste -). La comparaison de la piste de contrôle RT avec le pool d'ADNc créé à partir d'ARN modifié par DMS (piste +) révèle des sites de modification. Notez que la bande résultant d'une modification DMS migre un nucléotide plus rapidement que la bande correspondante dans la voie de séquençage, car le ddNTP est incorporé dans l'ADNc naissant, tandis que le groupe méthyle entraîne un arrêt un résidu avant la modification.

Mon point de vue - Le DMS ajoute un groupe méthyle à la face de liaison hydrogène de l'exposition UNE et C socles. UNEsable Cs protégés par des protéines ou des interactions d'appariement de bases sont ne pas méthylé. Les bases méthylées inhibent la transcriptase inverse, ce qui donne un produit d'ADN tronqué qui peut être visualisé sur un gel. La comparaison avec un témoin non traité permet de déduire UNEsable Cs de la séquence d'ARN sont exposés et qui sont protégés, à partir desquels la conformation de l'ARN natif peut être déduite (ou les possibilités fortement limitées).


Voir la vidéo: DIMETHYL SULPHATE (Juin 2022).


Commentaires:

  1. Foster

    Pour la vie de moi, je ne sais pas.

  2. Maddock

    Merci pour les informations très précieuses. Cela m'a été très utile.

  3. Jubair

    Oui

  4. Thorn

    A mon avis, tu fais une erreur. Envoyez-moi un e-mail en MP, nous parlerons.

  5. Parnel

    Entre nous, essayez de rechercher la réponse à votre question sur google.com

  6. Skipton

    Merci pour votre soutien.

  7. Cadmus

    Vous vous êtes probablement trompé?



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