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Si un article a une phylogénie publiée, est-il courant d'obtenir le fichier newick avec les longueurs de branches des auteurs ? Afin de faire d'autres recherches avec l'arbre.
Il est de pratique courante pour les auteurs de publier leurs arbres sur TreeBase pour que d'autres personnes puissent les utiliser. Ils listeront généralement le lien dans le matériel supplémentaire de l'article. Certaines revues en ont fait une exigence pour les auteurs.
Regardez le script R lié à cet article. rotl : un package R pour interagir avec les données Open Tree of Life http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041-210X.12593/full
install.packages("rotl") library(rotl) studies <- studies_find_studies(property = "ot:focalCladeOTTTaxonName", value = "Caesalpinieae", exact = TRUE) tree <- get_study_tree(study_id = studies[["study_ids"]] [1], tree_id = strsplit(studies[["tree_ids"]],", ")[[1]][1]) # Exemple 2 cat_studies <- studies_find_studies(property = "ot:focalCladeOTTTaxonName", value = "Felidae ", exact = TRUE) cat_tree <- get_study_tree(study_id = cat_studies[["study_ids"]][1], tree_id = cat_studies[["tree_ids"]][1]) cat_tree ## ## Arbre phylogénétique avec 38 conseils et 37 nœuds internes. ## ## Libellés des astuces : ## Neofelis_nebulosa, Panthera_tigris, Panthera_uncia, Panthera_pardus,… ## ## Enraciné ; comprend les longueurs de branches.
